1679-1681 - Matěj Kupeček
? - 1681 - Václav Reisenzahn
1681-1684 - František Ridiger
kol.1701 - Jan Kryštof Karel Gayer
kol.1712 - Jakub Trenský
1720-1737 - Jan Antonín Tadeáš Görbig
kol.1737 - Antonín Gräbner

? - Antonín Grimp
? - 1768 - Emanuel Vraždil
1741-1758 - Emanuel Mořic Taubner
1791 - ? - František Strobach
1847 - ? - Jan Follberger
1882 - ? - Bedřich Follberger
kol.1890 - ?? Janda
? - 1891 - Václav Kačaba
1909-1913 - Adolf Cmíral - významný český hudební pedagog, muzikolog a skladatel, též varhaník v bazilice Nanebevzetí P.Marie na Strahově a u sv.Tomáše na Malé Straně
1914-1919 - Pavel Dědeček - dirigent, houslista a varhaník. Působil jako violista na kůru katedrály sv. Víta, jako koncertní mistr a později dirigent orchestru divadla v Brně, v letech 1917-1919 jako dirigent České filharmonie, vyučoval na pražské konzervatoři a později též AMU, v letech 1945-1946 byl ředitelem opery v Plzni.
1925-1948 - Josef Kuchinka st., člen orchestru Národního divadla v Praze
? - 1948 - Josef Kuchinka ml., významný český dirigent, sbormistr ostravské opery, od r. 1960 dirigent orchestru Národního divadla v Praze 

1948 - V Loretě je zastaven církevní provoz, řeholníci byli vyhnáni a internováni a komplex byl zestátněn. Později byl předán Muzeu hl.města Prahy, které kostela využívalo především ke koncertní činnosti. V 60. letech do osudu varhan zasáhl dr. Ladislav Vachulka, muzikolog, pedagog a varhaník, který inicioval již výše zmíněné úpravy nástroje. S odstupem času musíme tyto zásahy hodnotit nepříliš kladně, přestože v době jejich realizace byly chápány jako progresívní metoda restaurování památných varhan.

1991 - Loretánský komplex vrácen řádu Menších bratří kapucínů
1991-1993 - Varhany byly rozebrány a restaurovány (provedl Vladimír Šlajch, přední český restaurátor historických varhan).
Varhaníci, kteří po r. 1990 působili a působí po r. 1993:
Marek Valášek - dirigent, sbormistr a pedagog, varhaník kostela P. Marie Andělské
Josef Klener - varhaník kostelů P. Marie Pomocné a sv. Kajetána a P. Marie Andělské (do r. 2005)
Drahomíra Chvátalová (1993-1996)
Irena Kosíková (1995-1996)
Radek Rejšek (1996-2002)
Kamil Novák (2002-2004)
Alena Michálková (od 2004)
Vít Janata (2005-2014)
Radek Rejšek (od r. 2014 dosud)